يقع بمنطقة باب الخليل إلى الشرق من ساحة عمر بن الخطاب، بحارة الضوية المعروفة اليوم بحارة العسلية. يجاوره كنيسة تابعه للبروتستانت من الغرب، والنزل المسيحي من الشمال وبيوت ومساكن لمسيحين من طوائف البروتستانت واللاتين والأرمن. ينسب إلى الشيخ شمس الدين بن عبدالله البغدادي.
يرجع أصل البناء إلى الفترة الرومانية، وتحديداً إلى القرن السابع أو الثامن ميلادي، وقد حول في القرن التاسع الهجري/الخامس عشر الميلادي إلى الزاوية دعيت منذ ذلك الوقت باسم زاوية الشيخ يعقوب العجمي، التي هجرت إثر وفاته حتى جددت في الفترة العثمانية واتخذذت مسجداً تقام فيه الصلوات الخمس.
يتألف هذا المسجد اليوم من بيت للصلاة مستطيل الشكل بامتداده من الشرق إلى الغرب، وتبلغ مساحته 98م² ، وارتفاعه 6م. وله محراب في الحائط الجنوبية، وساحة مكشوفة تتقدمه في الجهة الغربية مساحتها 5×12م.
تشير سجلات محكمة القدس الشرعية إلى المسجد وأوقافه التي أفاد منها، أهمها حاكورة اليعقوبي الممتدة أمامه بين دور يسكنها أل الديسي وشارع سان جيمس ، وتقدر مساحتها بحوالي 10دونمات، والأرض التي تقوم عليه كنيسة البرتستانت المجاورة وعقارات أخرى. إلا أن متولي الوقف باعوها بذريعة الاستبدال لإعمار المسجد. وهكذا يمكن فهم حالة البؤس التي مر فيها المسجد حتى أواخر القرن العشرين الماضي بحسب تشير إليه وثائق مؤسسة إحياء التراث والبحوث الإسلامية. ولم يبقى سوى تقارير ترصد خرابه، أو حاجته للإنارة بالتيار الكهربائي عوضاً عن لامبة كاز نمرة2، أو عدم لياقته بمساجد المسلمين.وبعد عقدين ونصف من الزمن، أي في 1966/2/24م، طالبت دائرة الأوقاف في القدس بربطه بالكهرباء. ورغم أن موقوفات المسجد بيعت جميعها تقريباًلتعميرة منذ نهاية القرن التاسع عشر الميلادي. إلا أن فريق البحث لم يعثر على وثائق ترميمه سوى إشارة متواضعة من عام 1941م، ما دفع أحد سكان القدس إلى اقارح تحويله إلى مدرسة ليلية لمحو الأمية، قبل ترميمه في سنة 1988م ترميماً واسعا.
